Iniziò la sua carriera agonistica con il Nacional Montevideo, con cui giocò da professionista due stagioni (dal 1988 al 1990) scendendo in campo complessivamente 14 volte e segnando tre reti. Dopo la conquista di uno scudetto, Fonseca fu ingaggiato dal Cagliari e si trasferì in Italia.
Con i sardi rimase dal 1990 al 1992: impegnato principalmente come mazzapunta di sinistra (e non come centravanti, suo ruolo più idoneo), l'uruguiano segnò 8 reti in 27 gare disputate nella prima stagione e 9 nella seconda disputando 23 gare. Nell'estate del 1992 venne acquistato dal Napoli, e con i partenopei (ormai orfani di Diego Armando Maradona) Fonseca fu compagno di squadra di Careca, Gianfranco Zola, Ciro Ferrara e Fabio Cannavaro.
Con la maglia del Napoli Fonseca si mise subito in luce segnando tutte e 5 le reti azzurre in una partita di Coppa UEFA (Valencia - Napoli 1-5) ed in campionato realizzò 16 reti, dando ai tifosi l'impressione di poter rinnovare i succesi ottenuti dai grandi attaccanti che lo avevano preceduto. Dopo un'altra brillante stagione (15 reti in 27 presenze) preferì accasarsi all'AS Roma.
Per tre stagioni (dal 1994 al 1996) Fonseca militò con i capitolini, senza però riuscire a ripetere i fasti di Napoli: realizzò otto centri sia il primo anno che il secondo che il terzo, mettendosi quasi sempre a servizio della punta argentina Abel Balbo. Nel 1997 la Juventus, che aveva bisogno di un centravanti di riserva, decise di acquistarlo, facendogli disputare 15 partite (con 4 goal) la prima stagione.
Con la "Vecchia Signora" Fonseca rimase altri tre anni, di cui uno solo da titolare (25 partite condite da 6 gol). Nella stagione 1999-2000 non scese mai in campo a causa di un infortunio, mentre divise l'annata 2000-2001 tra i bianconeri ed il River Plate, che lo aveva acquistato a gennaio. La sua avventura con i torinesi si concluse con la vittoria di due scudetti e due supercoppe italiane.
Con gli argentini del River, nonostante la conquista di un campionato argentino e di una Coppa Libertadores, ebbe poco spazio e non fu quasi mai titolare. Pertanto Daniel decise di tornare prima al National Montevideo (5 presenze e due goal) e poi di nuovo in Italia, al Como. Nel corso della stagione, dopo poche presenze in squadra, decise di dare l'addio al calcio giocato, per iniziare la nuova attività di procuratore. | 
