Il mancino Stoichkov inizi¨° la sua carriera nella citt¨¤ natale (Maritza, Plovdiv nel 1976) da dove pass¨° a Jury Gagarin e Hebros (Harmanli) nel 1984. Due anni dopo (1986) gioc¨° gi¨¤ con lo Sredetz, Sofia, una delle squadre di serie A meno forti della capitale. Con questo piccolo team egli fu capocannoniere del campionato nella stagione 1988/89 con 23 reti, e fu pertanto acquistato dal CSKA Sofia, con cui realizz¨° l'impressionante numero di 38 goal in 30 partite, vincendo in tal maniera non solo il titolo di miglior bomber, ma anche lo scudetto e la Coppa di Bulgaria.
Dall'estate del 1990 a quella del 1995 milit¨° poi nel Barcellona, fortissima squadra spagnola con cui vinse 4 scudetti ed una Coppa dei Campioni nel 1992. La sua migliore stagione fu quella 1992/93, dove realizz¨° 20 goal in 34 match, ma fu nell'anno 1994 che vinse il Pallone D¡¯Oro, trofeo assegnato al miglior giocatore europeo (poi dall'anno successivo venne assegnato a George Weah, e quindi divenne il titolo di miglior giocatore al mondo che disputa un campionato in Europa). Ingaggiato successivamente dal Parma, Stoichkov fu chiuso dalla presenza di Filippo Inzaghi e Gianfranco Zola: dovette accontentarsi di giocare 23 sfide e di segnare 5 gol, molto pochi rispetto alle speranze dei tifosi ducali. I suoi errori sottoporta, molto rari nella sua carriera, furono usati dalla Gialappa¡¯s band in modo da realizzare una satira nei suoi confronti.
Nel luglio del 1996 torn¨° al Barcellona, ma dovette accontantarsi ancora una volta di fare la riserva, dapprima di Ronaldo e dopo di Rivaldo: nel gennaio del 1998 torn¨° in patria con il CSKA Sofia (4 partite ed un gol) per poi emigrare in Giappone con Kashiwa Reysol: con i nipponici fece due stagioni, giocando complessivamente 28 partite condite da 13 centri, vincendo anche una Coppa del Giappone. Chiuse la sua carriera negli Stati Uniti, disputando due stagioni con i Chicago Fire (35 partite e 15 reti) ed una con i D.C.United, con i quali vinse uno scudetto statunitense. Si ritir¨° dal calcio giocato nel 2003. | 
