Esordisce a 18 anni nella Bundesliga fra le fila del Uerdingen con il quale disputa suoi primi due campionati, prima di passare, nel 1988 all'Amburgo. Dopo un primo discreto campionato, a gennaio 1990 è ceduto al Borussia Mönchengladbach dove gioca solo pochi mesi.
Dopo la deludente stagione 1989-90 si accasa in Austria al Salisburgo, con il quale dimostra per la prima volta la sua stoffa di cannoniere di razza realizzando 23 reti. Anche gli osservatori italiani fanno caso a lui e a fine stagione si accorda con l'Inter che lo gira all'Ascoli del vulcanico Costantino Rozzi.
L'impatto con la Serie A non è dei migliori: 17 gare ed appena 2 reti. L'Ascoli è retrocesso in Serie B e in maglia bianconera Bierhoff disputa tre campionati cadetti. Il suo sarà un pronto riscatto, con il titolo di capocannoniere nel 1992-93 e di vice nel 1993-94. Nulla può alla terza stagione fra i cadetti per evitare la retrocessione agli ascolani, tuttavia riceve attestati di stima come quelli del focoso presidente Luciano Gaucci che promette di portarlo a Perugia in caso di promozione.
Mentre gli umbri sfiorano solamente la promozione che arriverà l'anno dopo, Bierhoff non rimane senza squadra: è l'Udinese ad aggiudicarsene i favori. Il possente centravanti tedesco non delude le aspettative, ma al contrario si rende protagonista di uno straordinario campionato realizzando ben 17 reti. Nel 1996-97 l'Udinese agguanta il quinto posto che significa partecipazione alla Coppa UEFA e proprio Bierhoff con i suoi gol diventa uno dei protagonisti di una squadra che stupisce l'Italia. L'anno dopo infatti è addirittura terzo posto dietro Juventus ed Inter, mentre Bierhoff sarà capocannoniere con 27 reti: era dal 1960-61 che un giocatore di Serie A non segnava tanto (all'epoca fu Sergio Brighenti). Bierhoff segna più reti anche del Fenomeno Ronaldo e si permette pure il lusso di fallire un rigore all'ultima giornata, quando ancora era aperta la lotta per il titolo di capocannoniere.
Proprio nel suo periodo ad Udine Bierhoff è convocato per la prima volta nella nazionale tedesca, con cui esordisce il 21 febbraio 1996 contro il Portogallo. Anche in nazionale il suo rullino di marcia è impressionante: in poco più di due anni mette a segno 20 reti. Soprattutto però è fra i protagonisti del titolo europeo del 1996: subentrato nella finale contro la Repubblica Ceca, mette a segno due gol fra cui il decisivo golden goal. Partecipa poi con la maglia tedesca anche ai mondiali di Francia del 1998 con 5 presenze e 3 gol.
Dopo il campionato del mondo passa in forza al Milan nel quale è chiamato a far coppia con George Weah: sarà ancora un Bierhoff scatenato, che supplisce alla sua non eccellente tecnica con un colpo di testa micidiale che gli permette di mettere a segno 20 reti in campionato. Il Milan conquista così lo scudetto, che sarà l'unico campionato nazionale vinto da Bierhoff.
I due anni successivi rimane al Milan, ma i suoi gol cominciano a diventare sempre più radi mentre si evidenziano sempre più i suoi difetti di lentezza e poca precisione al tiro, fino ad allora magistralmente bilanciati da una eccezionale media-gol. Nel 2001 passa perciò al Monaco e con i francesi sfiora addirittura la retrocessione.
Disputa i campionati del mondo del 2002 con la maglia tedesca, realizzando un gol nella partita-valanga contro l'Arabia Saudita. La Germania è sconfitta in finale dal Brasile: sarà questa per Bierhoff l'ultima partita in nazionale.
Tornato in Italia, disputa l'ultimo campionato in Serie A con il ChievoVerona segnando 7 reti. | 
