Nato nel nord del Brasile, inizia la carriera nel 1985 al Flamengo, col quale vince il campionato brasiliano nel 1987. Nella squadra di Rio de Janeiro Aldair resta quattro anni per poi passare in Portogallo al Benfica. Nel 1990 Dino Viola lo porta alla Roma su consiglio di Eriksson.
Nella capitale Aldair resta per ben tredici anni, e si impone come uno dei difensori più forti del mondo, grazie alla sua eleganza ed alla sua classe diventa la colonna portante della difesa romanista e della nazionale brasiliana per più di un decennio. Nella sua prima stagione con la squadra capitolina vince una coppa Italia; negli anni '90 si guadagna la fascia di capitano, alla quale rinuncerà nella stagione 1998/99 per cederla all'allora talento emergente Francesco Totti.
Nell'anno del terzo scudetto, la difesa della Roma è una delle più forti del campionato grazie ad Aldair, al connazionale Zago ed al "Muro" Samuel; purtroppo però Aldair dovrà saltare le ultime giornate di quel campionato a causa di un grave infortunio e, dopo la fatidica Roma-Parma sarà costretto a festeggiare con la gamba fasciata. Coi giallorossi gioca altre due stagioni, cominciando a sentire gli acciacchi dell'età; decide perciò di lasciare la Roma per andare a giocare un anno in Serie B col Genoa. | 
